Σύμφωνα με τον ιδρυτικό νόμο της Σχολής (ν. 3186/03), ΑΠΟΣΤΟΛΗ της είναι η παροχή «διακλαδικής εκπαίδευσης επιχειρησιακού και στρατηγικού επιπέδου, καθώς και επιμόρφωση σε βασικά θέματα γεωπολιτικής σε ανώτερους αξιωματικούς των τριών Κλάδων των Ενόπλων Δυνάμεων (Ε.Δ.), με σκοπό την προαγωγή της ικανότητάς τους στη σχεδίαση, διεύθυνση, διεξαγωγή διακλαδικών επιχειρήσεων, την κατάρτισή τους για τη στελέχωση εθνικών και συμμαχικών διακλαδικών στρατηγείων στο εσωτερικό και εξωτερικό και λοιπών εθνικών συμμαχικών θέσεων και για να τους καταστήσει ικανούς διοικητές και επιτελείς διακλαδικών στρατηγείων».
Επίσης, «η Σχολή λειτουργεί και ως επιστημονικός και επιτελικός φορέας στο χώρο των Ενόπλων Δυνάμεων για θέματα διακλαδικότητας, άμυνας, ασφάλειας και γεωπολιτικής στρατηγικής, εθνικού συμμαχικού και διεθνούς ενδιαφέροντος». Στο πλαίσιο αυτό, «στη Σχολή είναι δυνατόν να λειτουργούν ειδικά τμήματα σπουδών, καθώς και εθνικά ή διεθνή σχολεία ειδικής επιμόρφωσης».
«Στη Σχολή δύνανται να φοιτούν και αξιωματικοί Κοινών Σωμάτων των Ενόπλων Δυνάμεων, αξιωματικοί των Σωμάτων Ασφαλείας, του Λιμενικού Σώματος και ξένων κρατών».
Οι απορρέοντες ειδικότεροι εκπαιδευτικοί ΣΚΟΠΟΙ της Σχολής, σύμφωνα με τον Οργανισμό της Σχολής (ΠΔ 33/20), είναι :
- Η προαγωγή των ικανοτήτων των σπουδαστών στη σχεδίαση, διεύθυνση και διεξαγωγή διακλαδικών επιχειρήσεων σε επιχειρησιακό και στρατηγικό επίπεδο, μέσω της σπουδής των διακλαδικών δογμάτων και των διακλαδικών κανονισμών επιχειρησιακής σχεδίασης καθώς και της διεξαγωγής διακλαδικών ασκήσεων.
- Η προαγωγή των ικανοτήτων των σπουδαστών, ώστε να καταστούν ικανοί διοικητές και επιτελείς για τη στελέχωση των εθνικών και συμμαχικών κλαδικών ή διακλαδικών στρατηγείων, στο εσωτερικό ή το εξωτερικό, καθώς και των λοιπών θέσεων εξωτερικού μέσω:
- Της κατανόησης του διεθνούς γεωπολιτικού γίγνεσθαι και της αντίληψης των διαχρονικών εξελίξεων που έχουν διαμορφώσει το σύγχρονο γεωστρατηγικό περιβάλλον, των εξελίξεων στις διεθνείς σχέσεις και την παγκόσμια οικονομία, καθώς και του τρόπου με τον οποίο αυτά επηρεάζουν τα συμφέροντα της Ελλάδας.
- Της κατανόησης των βασικών αρχών του διεθνούς δικαίου και της λειτουργίας των διεθνών οργανισμών, στους οποίους συμμετέχει η Χώρα.
- Της ανάλυσης των διαδικασιών λήψης απόφασης και χειρισμού κρίσεων, τόσο σε θεωρητικό επίπεδο, όσο και σε επίπεδο εφαρμογής, μέσα από τη σχεδίαση και διεξαγωγή ασκήσεων, αλλά και σχετικών μελετών περίπτωσης, που αφορούν σε στρατηγικές συμμαχίες και ζητήματα πολιτικό – στρατιωτικής ηγεσίας.
- Της κατανόησης της Πολιτικής Εθνικής Άμυνας και των παραγόντων που την επηρεάζουν, καθώς και της εξέτασης του τρόπου με τον οποίο αυτή υλοποιείται τόσο στο ευρύτερο πλαίσιο της εθνικής στρατηγικής, όσο και στο στενότερο της στρατιωτικής στρατηγικής.
- Της ενημέρωσης και κατανόησης της δομής και των δυνατοτήτων των Ε.Δ. και των λοιπών μη στρατιωτικών διαθέσιμων μέσων για την πλέον αποτελεσματική σχεδίαση σύγχρονων διακλαδικών επιχειρήσεων, σε επιχειρησιακό και στρατηγικό επίπεδο.