Το έμβλημα της Σχολής αποτελείται από το αντίστοιχο έμβλημα του Γενικού Επιτελείου Εθνικής Άμυνας (ΓΕΕΘΑ) με τα σύμβολα των τριών Κλάδων (κράνος, άγκυρα, φτερά) και την προσθήκη ενός βιβλίου και ενός ξίφους που κόβει τον «Γόρδιο Δεσμό».
Η σύνθεση συμβολίζει τη δύναμη και την αποφασιστικότητα που δίδει η γνώση για την επίλυση κάθε προβλήματος, μέσω του διακλαδικού σχεδιασμού. Η φράση «ΕΝ ΤΗ ΕΝΩΣΕΙ Η ΙΣΧΥΣ», που αναγράφεται στο επάνω μέρος του εμβλήματος, τονίζει το διακλαδικό χαρακτήρα της Σχολής.
